Испания, 1944 год. В густых лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу с фашистскими войсками. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь, где командует её отчим — капитан Видаль. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любой ценой. Офелия, погружённая в мир сказок, находит рядом с домом древний заброшенный лабиринт, куда её приводит таинственная фея.
В сердце лабиринта девочка встречает Фавна, хранителя подземного царства. Существо открывает ей удивительную тайну: Офелия — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую безуспешно разыскивал её отец на протяжении веков. Фавн предлагает ей шанс вернуться домой, но для этого она должна выполнить три испытания до полнолуния, храня их в строжайшей тайне ото всех.